Trước thập niên 1960, có 108 sông nước ngọt chảy vào hồ, nhưng vào thời điểm năm 2003 thì 85% các cửa sông đã khô cạn, bao gồm cả sông nhánh lớn nhất của hồ là sông Buha. Trong khoảng thời gian từ năm 1959 tới năm 1982, mức nước rút xuống trung bình hàng năm là 10 cm, được đảo ngược lại cũng với tốc độ 10 cm/năm trong thời gian từ năm 1983 tới năm 1989, nhưng kể từ đó tới nay thì nó lại liên tục rút xuống. Viện Hàn lâm Khoa học Trung Quốc thông báo vào năm 1998 rằng hồ lại bị đe dọa một lần nữa trong việc mất diện tích bề mặt do chăn thả gia súc thái quá, cải tạo đất và các nguyên nhân tự nhiên[4].

Diện tích bề mặt của hồ đã giảm 11,7% trong giai đoạn từ năm 1908 tới năm 2000[5]. Là kết quả của nó, hay do sự chuyển động của các cồn cát, các phần đáy hồ nằm cao đã bị lộ ra, hàng loạt các hồ nhỏ đã bị tách rời ra khỏi phần chính còn lại của hồ. Trong thập niên 1960, hồ rộng 48,9 km² với tên gọi Gǎhǎi (尕海) đã xuất hiện tại phần phía bắc của hồ Thanh Hải. Trong thập niên 1980, hồ Sa Đảo (沙岛) đã tách ra ở phía tây bắc, chiếm diện tích 19,6 km², trong khi hồ Hải Yến (海晏) ở phía đông bắc chiếm diện tích 112,5 km²[6]. Một hồ con khác rộng 96,7 km² cũng đã tách ra năm 2004. Ngoài ra, hồ Thanh Hải hiện nay cũng đang chia tách ra thành khoảng 5-6 hồ nhỏ ở ven bờ. Diện tích bề mặt đã giảm xuống khoảng 312 km² trong ba thập niên gần đây[7].